Package installation fails

Question

When I try to install packages such as ndl, minqa, RcppEigen, lme4 and others, I get the following error:

    install.packages("RcppEigen")
Installing package into ‘/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
probando la URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_0.3.2.0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1251504 bytes (1.2 Mb)
URL abierta
==================================================
downloaded 1.2 Mb

* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g++ -shared -o RcppEigen.so RcppEigen.o fastLm.o Note: no visible binding for global variable '.Data' Note: no visible binding for global variable '.Data' -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpzLOC7E/downloaded_packages’
Mensajes de aviso perdidos
In install.packages("RcppEigen") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status

I tried reinstalling R with

 sudo apt-get remove --purge r-base r-base-dev r-base-core
 sudo apt-get install r-base r-base-dev

And I deleted everything in the R folder, but the problem persists. What can I try next?

Answer 1

I am far from expert R, but I had a similar problem with installing minqa, and this was due to the welcome message in the ~ / .Rprofile file. It turns out that (for reasons unknown to me) everything that the minqa compilation CMS seems to pass directly to stdout in g ++, which is a C ++ compiler.

You can see this in your error message:

g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio

- ": ".Data ", g++. - , , minqa .

: , , Ubuntu. , .

Answer 2

fscked .

/ Ubuntu, , - .

- . R :

 R> library(Rcpp)
 R> evalCpp("2+2")   

, ? , . r-base-dev .

- , prebuild, lme4, RcppEigen, Rcpp,...

Answer 3

, . , R. :

install.packages("ndl")

, , , , , ...

Answer 4

, ubuntu.

Answer 5

.Rprofile , : "cat (". Rprofile: cran repositoryn ")". . :

sudo gedit ~/.Rprofile 

Answer 6

- :

clang: error: no such file or directory: 'Running'
clang: error: no such file or directory: 'R'
clang: error: no such file or directory: 'version'
clang: error: no such file or directory: '3.2.0'
clang: error: no such file or directory: '(2015-04-16)'
clang: error: -E or -x required when input is from standard input
clang: error: no such file or directory: 'Full'
clang: error: no such file or directory: 'of'
clang: error: no such file or directory: 'Ingredients'
make: *** [minqa.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’

~/.Rprofile:

.First <- function(){
        cat('\nRunning', R.Version()$version.string, '-', R.Version()$nickname, "\n\n") 
}

~/.Rprofile minqa.